1990, 5-6 червня у Києві на Всеукраїнському православному церковному соборі УАПЦ було проголошено про відродження незалежної від Москви Української церкви на канонічній території історичної Київської митрополії. Відкрився Собор урочистим богослужінням у стінах Софії Київської – вперше після 1934 року, коли древню святиню було пограбовано і закрито більшовиками. Після закінчення відправи люди пройшли хресною ходою від Софії до Будинку кіно, де відбувся Собор. Проходячи повз парк Тараса Шевченка, учасники ходи зупинилися і поклали квіти до пам’ятника Кобзарю.
Хресна хода учасників Першого Всеукраїнського Собору УАПЦ та прихильників національно-церковного відродженння. Фото: www.istpravda.com.ua
У Соборі взяли участь 703 делегати від духовенства і віруючих з усієї України. які проголосили про утворення Українського (Київського) патріархату УАПЦ. Патріархом Київським і всієї України було обрано митрополита Мстислава (Скрипника) – небожа Симона Петлюри, який очолював УАПЦ в діаспорі. На час його відсутності в Україні керувати церквою уповноважив митрополита Львівського і Галицького Іоанна (Боднарчука).
Самого митрополита Мстислава на засіданні не було – попри офіційне запрошення і клопотання багатьох людей, у тому числі і народних депутатів, МЗС так і не видало йому дозволу на в’їзд. Вперше після багатолітньої еміграції митрополит Мстислав зміг повернутися в Україну лише в жовтні 1990 року, коли Верховна Рада офіційно визнала Українську Автокефальну Православну Церкву. 18 листопада 1990 року в соборі Святої Софії в Києві відбулася інтронізація його на Патріарха Київського i всієї України.
Перший Собор визнав недійсним акт приєднання Української Церкви до Московської у 1686 році, як такий, що суперечить канонам Вселенської Православної Церкви. Також було проголошено «уневажнення постанов Першого «Надзвичайного» собору УАПЦ 1930 року, на підставі яких було здійснено «самоліквідацію» УАПЦ під проводом митрополита Василя (Липківського)». Учасники Собору звернувся до української влади з вимогою повернути храми і майно незаконно репресованої в 1921 році УАПЦ.
Собор розглянув і деякі питання внутрішньої діяльності Церкви. Були прийняті рішення про фундацію духовних шкіл, відновлення діяльності монастирів, утворення при Церкві міжнародного відділу і екуменічних зносини, про створення комісії для узгодження і перегляду перекладів богослужбових книг, про загально церковне друковане видання. Окремим рішенням українська була визнана мовою богослужіння.
Єпископ Василь, Митрополат Іоан, єпископ Андрій, єпископ Володимир, єпископ Роман в президії Собору. Фото: www.istpravda.com.ua
Собору передували кілька років боротьби за утвердження на теренах тоді ще Радянського Союзу Української Православної Церкви, незалежної від Росії. 15 лютого 1989 року було опубліковане звернення Ініціативного комітету зі створення УАПЦ на чолі з отцем Богданом Михайлечком до Верховних Рад СРСР та УРСР і до міжнародної християнської громадськості з обгрунтуванням права українців на власну Церкву.
Це стало початком національно-церковного відродження. На Великдень 1989 року заснована у Києві українська православна громада відправила святкове богослужіння в будинку відомого кобзаря Миколи Будника. 19 серпня 1989 року про свій вихід з підлеглості Московському патріархові і створила першу діючу громаду Української Автокефальної Православної Церкви проголосила парафія апостолів Петра і Павла у Львові. Слідом за цим про перехід до УАПЦ оголосило десятки парафій – особливо активним цей рух був на Західній Україні. РПЦ вимушена була піти на поступки і навіть дозволила друк церковних книг українською. Але українці прагнули більшого. 9 грудня 1989 року в Києві було засновано Всеукраїнське православне братство Святого Апостола Андрія Первозванного, яке стало дійовим центром відродження Церкви і підготовки до Собору.
Після офіційного визнання Верховною Радою УАПЦ перехід до відродженої церкви став ще масовішим. Що призвело до міжконфесійних конфліктів з парафіянами РПЦ та УГКЦ за храми, адже багато церков в радянські часи було зруйновано або перетворено на складські приміщення. Конфлікт було вичерпано лише на початку 2000-х років через будівництво нових храмів.
Митрополит Мстислав (Скрипник). Фото: www.istpravda.com.ua
Патріарх Мстислав очолював УАПЦ до самої смерті у 1993 році у віці 95 років. Після нього Патріархом Київським і всієї України став Дмитро (Ярема).