23 жовтня 1921 року під час літургії, в якій брали участь 30 священиків і 12 дияконів, у Софійському соборі протоієрей Василь Липківський був висвячений на Митрополита Київського і всієї України УАПЦ.
Відбулося це в ході Першого Всеукраїнського Церковного Собору, скликаного зусиллями Василя Липківського і його однодумців, який проголосив створення Української Автокефальної Православної Церкви. Оскільки жоден тодішній єпископ (усі вони належали до Російської православної церкви в Україні і були етнічними росіянами) не захотів узяти участь у Соборі українських православних, для створення єпископату УАПЦ вирішила скористатися традицією Александрійської церкви, за якою допускалася висвята єпископів через групове рукопокладання священиків. Кандидати на владик були ретельно визначені Собором та проголосовані — до єпископату увійшли найвидатніші священики.
УАПЦ початку ХХ століття стала своєрідним феноменом церковного життя українців. Визнавши, що більшість юридичних канонів церкви є продуктом світогляду VIII—IX століть, творці УАПЦ запропонували низку реформ, які робили церкву ближчою до людей і, водночас, спиралися на постулати віри Христової. УАПЦ скасовувала обов’язковий целібат для єпископів, проголошувала виборність церковної ієрархії, на перше місце ставила належну освіту та моральні якості священиків.
«Собор не оминув жодної ланки церковного життя. Зокрема, утримання духівництва повинно здійснюватися таким чином, який би не принижував його духовного сану і не викликав би непорозумінь між ним та людністю. Головним здобутком УАПЦ 20—30-х років було відновлення християнської громади як живого та діяльного організму і як основи земної церкви», - згадував Святослав Ярема, син митрополита відродженої на початку 1990-х в Україні УАПЦ Димитрія (Яреми).
Учасники Першого Собору Української Автокефальної Православної Церкви
Упродовж шести років свого митрополичого служіння Василь Липківський відвідав 500 парафій по обох берегах Дніпра. А це була майже половина всіх парафій Церкви. Наприкінці 1926 року УАПЦ уже мала 32 єпископи, близько 3000 священиків і майже 6 млн вірних.
Однак, відродження справдешньої української церкви не входило в плани більшовиків, які розгорнули антирелігійну кампанію. Із весни 1926 року розпочинаються арешти священнослужителів УАПЦ. Затримали і Василя Липківського за звинуваченнями в антирадянській пропаганді. Три місяці митрополит пробув у харківській в'язниці ГПУ. Коли 19 вересня 1926 року він повернувся до Києва, зустрічати його вийшло все місто. «Ніде по базарах та квіткових крамницях не зосталося квіток – усі були розкуплені задля привітання митрополита. Коло Софії робилося якесь столпотвореніє вавилонське… От тобі й боротьба з релігією!”, - згадував Сергій Єфремов.
Але уже у 1927 році під тиском ОГПУ Другий собор УАПЦ звільнив Василя Липківського «від тягаря митрополичого служіння» і обрав предстоятелем єпископа Миколу (Борецького). Липківський, якого арештували вдруге, прибув на нього прямо з камери Харківської в'язниці. Собор проходив під контролем чекістів, що висунули делегатам ультиматум: або вони обирають іншого митрополита, або Собор буде розігнаний, а Василь (Липківський) — засланий до Наримського краю. Коли ж один із делегатів насмілився протестувати, його заарештували просто в храмі.
Третій, «ліквідаційний», собор, зібраний у 1930 році на вимогу ОГПУ, оголосив про «саморозпуск УАПЦ». Більшість священиків та прихильників УАПЦ стали жертвами сталінських репресій або змушені були виїхати за кордон, зберігаючи традицію в діаспорі.
У Василя Липківського було семеро дітей. Після усунення від митрополичої кафедри, він якийсь час мешкав у кімнатці при Софійському соборі. Потім із дружиною переїхав до сестри на Солом'янку, на околиці Києва. Бідували. Від голодної смерті отця Липківського упродовж чотирьох років рятували грошові перекази з Канади від священика Петра Маєвського.
22 жовтня 1937 року немічного 73-річного Василя Липківського заарештовує НКВД за безглуздим наклепницьким обвинуваченням у тому, ніби він був «одним з керівників націоналістичної фашистської організації українських церковників, що ставила за мету відторгнення України від СРСР і створення самостійної держави фашистського типу». 20 листопада «трійка» засудила Василя Липківського до розстрілу, а 27 листопада його розстріляли. Тіло чекісти закопали у Биківнянському лісі під Києвом, хоча точне місце поховання досі невідоме. Старша дочка отця Василя та двоє його синів також були заарештовані й відправлені у заслання до Сибіру.
Липківський листувався з багатьма діячами як в Україні, так і за кордоном. Рукописи його праць «Відродження Церкви в Україні 1917–1930» та «Історія Української Православної Церкви», які зберегла сестра, під час війни переправили до Львова, до греко-католицького митрополита Андрея Шептицького. У 1959 році їх видали у канадському Вінніпегу.
6 червня 1990 року на Всеукраїнському Православному Соборі в Києві за участю понад 700 делегатів з усієї України (серед яких було 7 єпископів і понад 200 священиків) було проголошено відновлення УАПЦ в Україні. Патріархом Київським і всієї України було обрано митрополита Мстислава (в миру - Степана Скрипника, небожа Симона Петлюри).
1997 року Собор УАПЦ канонізував Василя Липківського та інших церковних мучеників 20-30-хх років, а за день їхньої пам'яті було обрано саме 27 листопада.